A história de Macuco está intimamente ligada à linha férrea, que, em 1860, foi construída pelo Barão de Nova Friburgo, unindo suas fazendas cafeeiras Boa Sorte, Gavião e Laranjeiras, localizadas na região, conhecida como sertões do Macuco, de forma a facilitar o escoamento das grandes safras para o Rio de Janeiro.
A ligação das três fazendas do Barão através dos trilhos chamou a atenção do cantagalense Bernardo Clemente Pinto que resolveu tomar para si a responsabilidade da construção de outro ramal férreo dividido em três seções: de Vila Nova a Cachoeiras; de Cachoeiras a Nova Friburgo e de Nova Friburgo a Cantagalo. E foi sob esse imenso veio de progresso que nasceu o povoado de Macuco. Levados pelo alto valor das terras da região, muitos cafeicultores fixaram fazendas nos limites à margem do Rio Macuco.
O perímetro urbano, entretanto, começou a intensificar-se com a abertura do tráfego da Vila de Nova Friburgo a Macuco, em setembro de 1876, com a extensão de 70.000 metros. Em janeiro desse mesmo ano, foi ligado a essa linha tronco, na estação de Cordeiro, o ramal partindo da cidade, com 6.600 metros. O trem, em agosto de 1883, vinha de Niterói, passava por Cordeiro e ia ao ponto terminal em Macuco.
Em 10 de setembro de 1890, o Governador Francisco Portella, baixou o Decreto de criação do Distrito de Paz de Macuco, desmembrando de Santa Rita do Rio negro. Entretanto, pelo Decreto n.º 249 de 09 de maio de 1891 foi criado o município de Macuco, desmembrando do município de Cordeiro, tendo por sede a povoação de mesmo nome, elevada a categoria de Vila, com o nome oficial de Vila Macuco. Mas em 08 de maio de 1892 o Decreto n.º 01 suprimiu os municípios de Macuco, Cordeiro e outros 12 municípios, por determinação contida no artigo 16 das Disposições Transitórias da Constituição de 1890 do Estado do Rio de Janeiro.
Após a queda da cultura de café o que se viu foi a chegada de uma nova era para Macuco: a produção leiteira. Em 1933, os produtores de leite da região já vendiam para Niterói e Rio de Janeiro sua produção transportada em latas quadradas de um metro de largura por meio metro de altura. O precursor foi o português Joaquim de Morais Cordeiro, proprietário da Fazenda Glória. Ele remetia o leite através da estrada de ferro diretamente para a Leiteria Cordeiro, em Niterói, da qual era dono. Seu pioneirismo se deu anos depois, quando os produtores de leite de Macuco se uniram para criar, o que é hoje a conhecida Cooperativa Regional Agropecuária de Macuco.
Finalmente em 28 de dezembro de 1995, em ato histórico e solene realizado no Palácio do Ingá, em Niterói, o Governador Marcello Alencar sancionou a lei n.º 2497, criando o município de Macuco.
Rio das Ostras (via Macaé) x Cordeiro (Viação 1001)
Macaé (via Rio das Outras) x Friburgo (Viação 1001)
Nova Friburgo x Macuco/Trajano de Moraes/S. M. Madalena/S.S. Alto (Viação 1001)
Rio de Janeiro (via Niterói) x São Fidélis/Miracema/S. M. Madalena (Viação 1001)
Além Paraíba (via Carmo) x Cordeiro (Viação Brasil)
Cordeiro x Macuco - Expresso (Expresso Farinha)
Campos (via Macuco) x Nova Friburgo (Viação Brasil)
Itaocara (via Macuco) x Nova Friburgo (Viação Brasil)